در همین راستا پژوهشکده های زیادی در راستای طب سنتی و طب مکمل در کشور تشکیل شد که همه این پژوهشکده ها با نظارت این معاونت انجام وظیفه می کردند؛ این معاونت در بحث ساماندهی پژوهشکده ها تا کنون قدم های موثری برداشته بود.